Впервые крепость упоминается в книге «Описание Украины» француза Г.Боплана в 1651 году. Эвлия Челеби пишет об Арабате как о крепости, которая должна была перекрывать запорожцам и калмыкам путь в Крым. Однако в 1668 году запорожцы под командованием кошевого Ивана Рога взяли Арабат штурмом и уничтожили всех, кто там находился. В 1737 году полк запорожцев, которым командовал полковник Онисим Билый, провел российские войска через Сиваш во время отлива и помог захватить крепость. В 1771 году Арабат снова пал, не выдержав штурма российской армии под командованием В.М.Долгорукова. После присоединения Крыма к России в крепости находился гарнизон, который во время Крымской войны не допустил высадки вражеского десанта на Арабатскую стрелку.