Вероятнее всего церковь была построена в конце VII века, однако начало этой церкви вероятнее всего относится к III-IV века нашей эры. Церковь была воздвигнута над южными воротами римской Вавилонской крепости, называемого так по старому названию этого района Каира, Вавилону, ещё во времена персидского владычества в Египте и перестроенного римлянами. Церковь получила своё название Висячая или Подвешенная из-за расположения прямо над воротами крепости. За прошедшее от строительства время слой грунта поднялся примерно на 6 метров, поэтому фактически остатки ворот крепости сейчас расположены под землёй и церковь не производит впечатление высоко расопложенной. тем не менее, как и раньше, к ней ведёт лестница из 29 ступеней. Ранние путешественники в Египте называли эту церковь именно "церковью с лестницей".

Церковь многократно перестраивалась. Свой сегодняшний вид церковь получила в VII-XI веках. В церкви находится более 100 икон, представляющих огромную историческую ценность, в том числе и знаменитая "Коптская Мона Лиза" VII века.