Птолемей VI Филометор начал здесь строительство необычного двойного храма предположительно на месте культовых строений XII, XVIII и XIX династий. Декорирование храма было закончено только во II-III веках нашей эры. Одно крыло храма посвящено Себеку, богу изобилия и творцу мира, почитавшемуся в облике крокодила. Другое крыло посвящено сокологоловому богу Хароерису (Хоруру или Хору Старшему). Хорур почитался здесь как глава триады, в которую входила также его жена, богиня Тасенетнофрет, и их сын, бог Панебтауи. Другая божественная триада Ком-Омбо состояла из Себека, его жены Хатхор и их сына Хонсу. В передней части храма находится небольшое святилище, посвященное Хатхор, ныне здесь хранятся мумии крокодилов, происходящих из расположенного по соседству погребения.

Значительная часть храма была разрушена Нилом, землетрясениями, и более поздними «строителями», использовавшими храм в качестве каменоломни. Тем не менее рельефы храма все еще сохраняют свою полихромную раскраску. К северо-западу от храма Себека и Хорура располагается птолемеевский храм, посвященный Исиде.