Город Сан-Томе расположен в крайней северовосточной части одноименного острова. Датой основания города считается 1493 г., когда колонисты основали поселение на берегу бухты Ана-Шавеш. Место для поселения было выбрано не случайно. В удобной естественной гавани легко могли укрыться от шторма португальские каравеллы. Побережье бухты быстро заселялось, и португальский король присвоил поселению Сан-Томе статус города. С 1975 г. Сан-Томе— столица республики. Здесь проживает почти треть населения страны. В столице сосредоточена вся политическая, культурная и деловая жизнь страны.