Сегодня город известен больше как промышленно-инновационный центр, но его выгодное географическое положение, богатое культурное наследие, живописный ландшафт и развитая туристическая инфраструктура привлекает сюда в последнее время все большее количество туристов.

Первые поселения в районе будущего Алитуса были основаны еще в первые века нашей эры. В письменных же источниках Алитус впервые упоминается в 1377 году, когда, согласно хронике, здесь была построена деревянная крепость для охраны земель, граничащих с Тевтонским орденом.

Городской статус поселению был предоставлен в 1581 году. Дата 15 июня 1581 года, когда великий князь литовский и король Польши Стефан Баторий даровал городские права, считается днем рождения Алитуса. В 1795 году город был разделен между Российской империей и Пруссией на две части. Окончательное единство к городу вернулось только в XX веке.

В конце XIX века Алитус был включен в цепь укрепленных гарнизонов на границах Российской империи с Восточной Пруссией. С остальным миром его связала железная дорога. Царские власти построили в городе православную церковь, которая сегодня преобразована в католическую.

В годы Великой Отечественной войны в районе Алитуса шли жестокие бои, так, в первые дни войны произошло крупное танковое сражение. В городском в сквере на улице Улону сегодня находится могила советским солдатам, павшим в боях у Алитуса.

Сегодня в Алитусе большое внимание уделяется имиджу города — чистоте и обустройству улиц и парков, развитию различных молодежных, культурных, народных организаций. В городе ежегодно проводится множество праздников, концертов и фестивалей, одним из самых значительных из которых является День Города.