Основание Ионавы относят к XVIII веку, когда здесь, в поместье Марии Коссаковской, вдовы Доминика Коссаковского, был выстроен деревянный костел. В 1750 году король Август III дал Марии разрешение основать здесь поселение для свободных людей. Название новому местечку вдова дала в честь своего сына, Яна (Ионаса).

В XIX веке строительство шоссе из Санкт-Петербурга до Варшавы, а также железной дороги из Лиепаи в немалой степени способствовало развитию здесь довольно крупного города. Ионава быстро росла, в городе организовывались крупные ярмарки, работали рынки. В 1912 году заработал спичечная фабрика. Наибольший толчок в экономическом развитии Ионавы произошел в 1962 году, когда здесь был открыт завод азотных удобрений «Achema», один из самых крупных в странах Балтии. Ионава превратилась в один из крупнейших промышленных городов в Литве. В городе было построено множество новых жилых зданий, открыты новые учреждения, предприятия, многие из которых успешно работают и по сей день.

Несмотря на то, что исторический центр Ионавы застроен, в основном, многоквартирными домами, государственными учреждениями и промышленными объектами, в городе и окрестностях сохранилось и весьма значимое архитектурное и историческое наследие. Так, достопримечательностью Ионавы является церковь Святого Иакова, в городском музее Ионавы сосредоточен комплекс исторических зданий, а на побережье рек Нерис и Швянтойи находится несколько древних курганов. 24 июня каждый год Ионава становится центром необычных торжеств — здесь проводится Фестиваль Ионес. Город называют литовской столицей всех Ионасов и Янов — эти имена очень популярны в стране, и праздник в их честь привлекает в Ионаву тысячи гостей со всей Литвы.