Озерный край Тракай стал первой купелью, живительной влагой которой окроплялись первые новокрещенные православные языческой Литвы. Проникновение в эти места православной веры связывают с Великим Литовским князем Гедимином (1316-1341 годы княжения).

Всего в Тракай действовало восемь православных храмов. Впоследствии число их постепенно сокращалось, а к концу XVIII века от древних православных церквей сохранились лишь останки; местной православной общине приходилось арендовать помещения под молельные дома.

Только в середине ХIХ века в Тракае появилась возможность возвести православный стационарный храм. 17 августа 1862 года, было освящено место постройки церкви, а 22 сентября 1863 года — освящен новый храм Рождества Пресвятой Богородицы. В июле 1865 года в Тракайскую церковь доставили серебряную вызолоченную дарохранительницу, которую пожертвовал наследник Российской короны.

Надпись на ней гласила: «вклад Благоверного Государя Наследника Цесаревича и Великого князя Александра Александровича в соборный храм г. Троки».