Город расположен на левом берегу р. Баксан (бассейн Терека) при выходе ее из гор на равнину, в 24 км. к северо-западу от Нальчика.

Впервые упоминается в 1748 г. В 1822 г. на месте современного города было основано русское военное поселение, входившее в состав Кавказской военной линии.

Во второй половине 1860-х гг. к востоку от укрепления возникло кабардинское село Кучмазукино (с 1920 г. - Старая Крепость). В 1891 г. западнее укрепления выходцами из центральной России и Украины основан хутор Баксан.

В 1960 г. села Старая Крепость (8 000 жителей на 1959 г.) и Баксан (3 600 жителей на 1959 г.) объединены в село Баксан.

Название по расположению на р. Баксан. Поселок городского типа с 1964-1965 гг., город с 1967 г.

В 2003 г. в состав города Баксан вошло селение Дугулубгей, а в 2008 г. село Дыгулыбней выделено из состава города Баксан.

В Баксане родились основоположник современной кабардинской литературы А.А. Шогенцуков, прозаик и поэт А.О. Шогенцуков.