Мечеть представляет собой огромный комплекс. Она отделена от шумного города мощными стенами. Внутренний двор вымощеный черно-белыми полированными плитами и окруженный колоннадой имеет форму прямоугольника длиной 125 и шириной 50 метров. В него ведут четверо ворот. С трех сторон двор окружает сводчатая галерея, с четвёртой стороны находится молельный зал. Посередине двора находятся фонтан и бассейн для омовений.

Слева от входа стоит внушительная деревянная повозка на здоровенных колесах. Одни говорят, что это таранное устройство, оставленное Тамерланом после штурма Дамаска, другие считают повозку боевой колесницей времен Древнего Рима. Фасадная часть внутреннего двора и окружающие колоннады облицованы цветным мрамором, декорированы мозаичной плиткой и покрыты позолотой. По преданию, для работы над мозаикой халиф пригласил константинопольских мастеров. Долгое время мозаики Омейядской мечети были скрыта под слоем штукатурки и только в 1927 году стараниями реставраторов снова увидели свет.

Интерьер мечети имеет богатое убранство: стены покрыты инкрустацией из мрамора, пол устлан множеством ковров — их здесь более пяти тысяч. Расстояние между колоннами — 5 метров. Огромный трёхсводный молитвенный зал длиной 136 и шириной — 37 метров покрыт деревянными плитками и поддерживается 40 мощными коринфскими колоннами. В центре зала четыре массивные колонны поддерживают гигантский купол, поражающий своим великолепием, росписями и тонкостью мозаичной работы На южной стороне молитвенного зала расположены четыре михраба. С высокого минбара из белого мрамор духовные проповеди транслируются по радио на всю страну. Зал освещается тяжелыми хрустальными люстрами европейского типа.

Минареты сохранились ещё со времен Ибн Валида и были лишь частично реставрированы в 1340 и 1488 годах. Юго-восточный минарет носит имя пророка Исы (Иисуса). Согласно поверью, именно по нему накануне Страшного Суда с небес на землю сойдет Иисус Христос. Руки Пророка, облаченного в белые одежды, будут лежать на крыльях двух ангелов, а волосы будут казаться влажными, даже если их не коснулась вода. Вот почему на землю под минаретом, куда должна ступить нога Искупителя, имам мечети каждый день стелет новый ковер. Противоположный минарету Исы — самый древний минарет, который называется аль-Арук (минарет Невесты). Минарет аль-Гарбия, построенный в XV веке, возвышается над западным входом во двор мечети.

В восточной части двора находится усыпальница, украшенная великолепной изразцовой работой, в которой покоится голова Хусейна ибн Али, внука пророка Мухаммада.

Мечеть содержит сокровищницу, которая, как говорят, содержит голову Иоанна Крестителя (Яхья), почитаемого пророком как христианами, так и мусульманами. Голова, возможно, была найдена во время раскопок при строительстве мечети. В мечети также находится могила Салах-ад-Дина, расположенная в небольшом саду, примыкающему к северной стене мечети.

В мечети прихожане ведут себя раскованно — не только молятся, но и читают, сидят, лежат, некоторые даже спят. Дети катаются по отполированному до блеска внутреннему мраморному двору мечети на животах. Ежедневно, кроме пятницы, в мечеть за небольшую плату пускают туриста любого вероисповедания. Как и в любой другой мечети, при входе необходимо снять обувь, которую можно носить с собой или оставить на входе за небольшое вознаграждение привратникам. Женщинам выдают черные накидки. Многие ходят в носках: в жару мраморные плиты двора раскаляются до высокой температуры и ходить босиком по ним можно только перебежками.