В начале XVIII века на месте, где впоследствии появилась Лютеранская кирха, были пригородные луга и поля. Возле будущей лютеранской церкви на большом пустыре в 1863 году был построен комплекс Житомирской мужской гимназии. Восточная сторона комплекса и образовала линию будущей Лютеранской улицы (в настоящее время — улица Коцюбинского). В середине XIX века эти земли принадлежали житомирянину Вильгельму Кнааку. После его смерти, вдова Кнаака передала часть земель лютеранской общине под церковь и дом пастыря.

Здание Лютеранской кирхи было построено в 1896 году по проекту известного городского архитектора Арнольда Енша в стиле модернизованной готики, на месте бывшего русла небольшой реки Поповка.

Дед выдающегося пианиста Святослава Рихтера — Даниил Рихтер, мастер по ремонту и настройке фортепиано, переселился в Житомир в середине XIX века, приобрел у садовника лютеранской общины небольшой домик недалеко от кирхи и устроился здесь на работу органистом.

Во второй половине 1930-х годов XX века в здании кирхи был организован спортзал общества «Динамо» (спортивный клуб работников внутренних органов). Лишь с появлением в конце 1980-х годов нового спорткомплекса на Корбутовке здание кирхи освободилось.

К сожалению, у небольшого лютеранского общества Житомира средств на восстановление и содержание храма не было. С 1996 года здание было передано церкви «Рождества» Евангельских христиан-баптистов. Здесь была проведена реставрация за счет нидерландской христианской академии «De Driestar» и построен целый комплекс со школой. Сегодня баптисты бесплатно предоставляют помещение лютеранам для проведения богослужений.

Кирха окружена прекрасным садиком с клумбами магнолий и интересными скульптурными композициями.