Во времена Древнего Рима на месте Санкт-Пёльтена располагался римский город Элиум Центиум (Aelium Cetium). Санкт-Пёльтен сформировался в VIII веке вокруг бенедиктинского аббатства Святого Ипполита (Sankt Pölten), основанного в 771 году, которое и дало имя городу. Официально права города Санкт-Пёльтен получил в 1159 году. До 1490 года принадлежал епископству Пассау, с 1785 года сам стал центром епископства. В 1986 году стал столицей земли Нижняя Австрия.

Основные достопримечательности города Санкт-Пёльтен: Ратушная площадь в центре старого города, посреди площади — колонна Святой Троицы (1782); Францисканская церковь с севера ратушной площади (1768); Ратуша на южной стороне ратушной площади (построено в XIV веке, с тех пор многократно перестраивалось, барочный фасад создан в 1727 году); Монастырь кармелиток (ныне в нём размещается городской музей); Соборная площадь — центр бывшего римского города Элиум Центиум, на площади кафедральный собор (XII век, многократно перестраивался, последний раз в стиле барокко в 1722 году); Резиденция епископа (построена в 1653 году, ныне в ней епархиальный музей, где выставлены предметы религиозного искусства); Замок Поттенбрунн в Поттенбрунне (с экспозицией средневековых кубков).

Крупнейшие музеи: Городской музей Санкт-Пёльтена, Епархиальный музей, Музей Им Хоф, Исторический музей Нижней Австрии.