Этот храм был построен у подножия «сердца» местечка — Гаштольдовой горы — в 1453 году. Здание костёла было деревянным, поэтому неудивительно, что оно неединожды перестраивалось. После перестройки во второй половине XVIII века храм обрёл черты стиля барокко.

В сентябре 1994 года в койдановский костёл приехал из Польши ксёндз Кристоф Буковский, стараниями которого за два года помещение храма было полностью отремонтировано, был сделан новый иконостас.