Еще в 1252 году здесь, на границах прусских, куршских и жямайтийских земель были известны поселения рыбаков. Эти места всегда славились обилием рыбы, к тому же благоприятным было само месторасположение, благодаря чему более пятисот лет назад здесь основали корчму, пользующуюся большой популярностью у рыбаков и местных жителей.

Датой возникновения Шилуте принято считать 1511 год, когда Георг Таллат приобрел в собственность корчму, стоящую здесь, на полдороге между Тилзитом (Советск) и Мемелем (Клайпеда). В поселении стала развиваться рыбная ловля, открылся ставший впоследствии знаменитым рыбный рынок, на котором крестьяне из всех соседних деревень обменивались товарами с прусскими и куршскими рыбаками.

В 1550 году в селении, носившем тогда имя Хейденкруг, была построена церковь. Вплоть до 1923 года город находился на территории Пруссии, благодаря чему приобрел свой незабываемый архитектурный облик, типичный для небольших немецких городов — здесь главенствуют здания в стиле готики, неоготики, фахверк. В городе сохранилось множество старинных сооружений — суда и тюрьмы (1848), почты (1905), пожарного депо (1911), мост через реку Шишу (1914), имение начала XIX века, старая рыночная площадь, здание железнодорожного вокзала (1875).

Развитию города в крупный торговый центр препятствовало то, что на протяжении столетий он не получал городские права — соседние Мемель и Тильзит всячески препятствовали этому. Лишь в 1941 году, вновь войдя в состав Германии, Шилуте был признан городом.

Сегодня в Шилуте находится несколько промышленных предприятий, работают театр, музей, три церкви, имеется несколько отелей, множество кафе, баров и ресторанов.