Утена — один из самых старинных литовских городов, первое упоминание о нем относится к 1261 году.

В хрониках меченосцев неоднократно встречается упоминание о городище Наркунай, с которым связывают Утену. В 1261 году впервые упоминается деревянный замок, по преданию, отстроенный в этих местах легендарным князем Утянисом. Именем князя в городе сегодня названа центральная площадь и районная газета. В XIV-XV веках Литва часто подвергалась набегам меченосцев, когда Утена не раз была почти разрушена. В 1433 году в ходе очередного нападения был уничтожен Утенский замок.

Несмотря на это, городок продолжал строиться и развиваться. В 1416 году здесь был уже построен первый костел, селились купцы и ремесленники. В 1655 году Утяну завоевывали русские войска, а в 1812 году — наполеоновская армия. В 1835 году было проложено шоссе Петербург-Варшава, узкоколейная железная дорога, что имело большое значение для развития Утены. Через Утену проходит железнодорожная линия Швенчёнеляй-Панявежис.

Сильный пожар, случившийся здесь в 1879 году, уничтожил большую часть Утены. До Первой Мировой войны Утена оставалась небольшим уездным селением, а в 1924 году получила права города.

Сегодняшняя Утена — живописный, зеленый город, через который протекает сразу несколько речек — Утенеле, Веша, Крашуона, Раше; в окрестностях находятся два озера — Даунишкис и Вижуонайтис. Утенский край славится чистейшими озерами — здесь их около 186, больших и маленьких, окруженных холмами и лесами. Среди озер Утенского края — самое длинное в Литве — Айсятас, и самое любимое у отдыхающих — красивейшее Алаушас.