Дженне возник в XIII веке на торговом пути через Сахару как место обмена товаров (в первую очередь, соли) между суданскими купцами-мусульманами и жителями тропических лесов Гвинеи. С Тимбукту он соединялся речным путём, а с Золотым берегом — лесными тропами. Основатель Сонгайской империи Сонни Али взял его после семилетней осады в 1473 году. В его государстве Дженне стал вторым по значению культурным и торговым центром после Тимбукту.

С 1670 по 1818 год Дженне, утративший своё торговое значение вследствие развития морской торговли, входил в государство Бамбара. В 1818 году им овладел вождь племени фульбе по имени Лоббо, изгнавший из окрестностей всех иноверцев. В 1893 году Дженне перешёл к французам, которые перенесли большую часть торговли в соседний город Мопти.

В 1988 году историческая часть города была причислена к памятникам Всемирного наследия ЮНЕСКО. Наиболее значительное сооружение города — Большая мечеть, выстроенная из прессованного кирпича в традиционном для этих мест стиле ещё в XIII веке, многократно разрушавшаяся и приобретшая свой нынешний вид в 1907 году.