Село Ферапонтово возникло вокруг Богородице-Рождественского Ферапонтова монастыря. Основная и практически единственная достопримечательность села — сам Ферапонтов монастырь с фресками Дионисия, считающийся замечательным памятником русской средневековой культуры и архитектуры.

Монастырь основан в 1398 году монахом московского Симонова монастыря Ферапонтом, пришедшим из Москвы вместе с Кириллом Белозерским и поселившимся вначале на берегу Сиверского озера (будущий Кирилло-Белозерский монастырь). По не совсем ясным причинам Ферапонт оставался на Сиверском озере только год, а затем ушел к Бородаевскому озеру, примерно в 20 километрах на северо-восток. Уже через десять лет после основания монастыря Ферапонт отправился в Можайск по приглашению звенигородского князя Андрея Дмитриевича, дяди Василия Темного, и основал там Лужецкий монастырь. В это время будущий Ферапонтов монастырь был довольно небольшим, существенно меньшим, чем соседний Кирилло-Белозерский. В середине XV века настоятелем монастыря становится Мартиниан Белозерский, бывший до этого монахом Кирилло-Белозерского монастыря, а позже основавший Спасский Вожеозерский монастырь. Мартиниан был влиятельным церковным деятелем своего времени, и при нем начинается рост и процветание монастыря. В нем была одна из лучших библиотек в государстве. В 1447 году Мартиниан, наряду с игуменом Кирилло-Белозерского монастыря Трифоном, благословил Василия Темного на поход против Дмитрия Шемяки, который перед этим ослепил Василия и взял с него обещание не претендовать на московский престол. Поход, как известно, завершился удачно, и Василий добился назначения Мартиниана игуменом Троице-Сергиева монастыря. Ферапонт и Мартиниан впоследствии были причислены к лику святых и считаются покровителями монастыря. В конце XV века в монастыре произошел большой пожар, после чего началось каменное строительство. Большие вклады в монастырь делали Василий Третий и Иван Грозный. Для росписи собора Рождества Богородицы пригласили самого замечательного художника Руси того времени, Дионисия, благодаря чему Ферапонтов монастырь и сейчас является выдающимся памятником русской средневековой культуры.

Интересно, что при всем этом монахи не озаботились строительством каменной ограды. В результате в Смутное время, в 1614 году, монастырь был взят и разграблен польскими отрядами, которые так и не смогли захватить соседний Кирилло-Белозерский монастырь. Монастырь пережил второй подъем в 1640-е годы, после чего начинается упадок монастырского хозяйства — цари больше не числятся среди "спонсоров" обители. С 1666 по 1676 годы в Ферапонтов монастырь был сослан патриарх Никон, позже переведенный в Кирилло-Белозерский монастырь. При этом он считал себя действующим патриархом и требовал особого к себе отношения, а так как никакой уверенности в том, что его не вернут к власти, не было, монастырским властям приходилось считаться с его запросами. Так, специально для Никона из монастырских, естественно, средств построили отдельный корпус келий. Это, разумеется, никак не облегчало финансовое положение монастыря. Весь XVIII век он находился на грани банкротства, а в 1798 году был упразднен, церкви сделали приходскими. После этого многие здания монастыря были уничтожены или значительно перестроены. В 1857 году, наконец, выстроили сохранившуюся до наших дней каменную ограду. В 1904 году монастырь был вновь открыт, на этот раз как женский, в связи с 500-летием со дня основания. Начались реставрационные работы. После революции монастырь снова был закрыт, настоятельница игуменья Серафима, позже канонизированная, расстреляна, а реставрация прервана на 50 лет. Наконец, в 1970-е годы тут был открыт музей фресок Дионисия. В 2000 году ансамбль Ферапонтова монастыря был внесен в список мирового наследия ЮНЕСКО, наконец-то хоть в чем-то опередив соседний Кириллов.