Город имеет древнюю историю. Как считают многие историки и археологи, легендарный город Александр-Эсхата (Александрия Крайняя) был построен Александром Македонским на месте нынешнего Худжанда в V веке до н.э. и вошел в историю как город высокой культуры, как важный торговый и ремесленный центр.

Из архитектурных памятников Средневековья наиболее известны старая крепость в центре города и мавзолей (XIV век) шейха Муслихиддина — святого и духовного покровителя Худжанда, а также православная церковь Марии Магдалины — самый древний на территории Таджикистана православный храм, построенный в 1884 году на средства московского купца Хлудова.