По некоторым данным, в Бильбейсе была построена первая мечеть на Африканском континенте — мечеть Садат Курейш. Город сыграл важную роль в борьбе за контроль над визиратом фатимидов: сначала в 1164 году, когда Асад ад-Дин Ширкух вместе со своим молодым племянником Салах ад-Дином Юсуфом был осаждён в городе объединёнными силами Шавара и Амори I Иерусалимского в течение трёх месяцев; затем в 1168 году, когда город был атакован армией Амори, который взял город через три дня, 4 ноября и устроил в городе резню. Кровавые зверства породили возмущение среди египтян-коптов, которые видели в крестоносцах избавителей, но пострадали не менее, чем мусульманское население Бильбейса. Копты перестали поддерживать крестоносцев и объединились со своими нехристианскими соседями против иноземцев.

В 1798 укрепления города были отстроены по приказу Наполеона.

Сегодня в Бильбейсе расположен комплекс академии ВВС Египта.