Сокото был основан в 1804 году как военная ставка Шейха Османа дан Фодио, возглавившего священную войну (джихад) фульбе против неверных. В 1809 году город временно стал столицей государства. В городе находится могила султана Османа дан Фодио.

Пика процветания город достиг в 1820-х годах, однако затем начал приходить в упадок. В 1903 году Сокото был захвачен британскими войсками под руководством Фредерика Лугарда.